南京工程學院總共有65個專業(yè)。

南京工程學院本科專業(yè)有65個：包裝工程、過程裝備與控制工程、建筑電氣與智能化、交通設備與控制工程、電氣工程及其自動化（輸配電工程）、金屬材料工程、建筑環(huán)境與能源應用工程、測控技術與儀器、電氣工程及其自動化（電氣與電子工程）、高分子材料與工程、焊接技術與工程、自動化（數(shù)控技術）、機械設計制造及其自動化（流體傳動與控制）、土木工程、網(wǎng)絡工程、自動化（機器人）、材料成型及控制工程、通信工程（電力通信）、環(huán)境工程、軟件工程、機械設計制造及其自動化、工業(yè)工程、過程裝備與控制工程專業(yè)、自動化、數(shù)字媒體技術、智能電網(wǎng)信息工程、電子信息科學與技術、材料成型及控制工程（模具設計）、土木工程（交通土建）、機械電子工程、電子信息工程、水質科學與技術、環(huán)境工程（電力環(huán)保）、建筑學、光電信息科學與工程、能源與動力工程（火電廠集控運行）、土木工程（建筑工程）、信息工程、國際經濟與貿易、能源與動力工程(生產過程自動化)、車輛工程、能源與動力工程、計算機科學與技術、機械工程、信息管理與信息系統(tǒng)、工業(yè)設計、能源與動力工程（制冷與空調工程）、復合材料與工程、電氣工程及其自動化（電力系統(tǒng)及其自動化）、電氣工程及其自動化（電力系統(tǒng)繼電保護）、市場營銷、商務英語、財務管理、產品設計、視覺傳達設計、物流管理、環(huán)境設計、人力資源管理、動畫、工程造價、勞動與社會保障、會計學、工程管理、社會工作、英語。