南京中醫(yī)藥大學(xué)總共有31個專業(yè)。

南京中醫(yī)藥大學(xué)本科專業(yè)有31個：中醫(yī)學(xué)（中西醫(yī)結(jié)合）（本碩連讀）（與南方醫(yī)科大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)）、眼視光學(xué)、康復(fù)治療學(xué)、中醫(yī)學(xué)（本碩連讀）、針灸推拿學(xué)（國家特色專業(yè)建設(shè)點）、護(hù)理學(xué)（國家特色專業(yè)建設(shè)點）、藥物制劑、藥學(xué)、中西醫(yī)臨床醫(yī)學(xué)、國際經(jīng)濟(jì)與貿(mào)易、食品衛(wèi)生與營養(yǎng)學(xué)、中藥資源與開發(fā)（國家特色專業(yè)建設(shè)點）、公共事業(yè)管理（衛(wèi)生事業(yè)管理）、中醫(yī)學(xué)（中西醫(yī)結(jié)合）（本碩連讀）（與南京師范大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)）、信息管理與信息系統(tǒng)、中醫(yī)學(xué)（國家特色專業(yè)建設(shè)點）、中藥制藥、中醫(yī)學(xué)（針灸推拿）（本碩連讀）、公共事業(yè)管理（中外合作辦學(xué)）、英語、市場營銷、計算機科學(xué)與技術(shù)、電子商務(wù)、制藥工程、軟件工程、公共事業(yè)管理(醫(yī)療保險)、生物制藥（分子生物學(xué)――藥物研制）（中外合作辦學(xué)）、應(yīng)用心理學(xué)、食品質(zhì)量與安全（中外合作辦學(xué)）、中藥學(xué)（國家特色專業(yè)建設(shè)點）、藥事管理。