福建師范大學閩南科技學院總共有23個專業(yè)。

福建師范大學閩南科技學院本科專業(yè)有18個：服裝設計與工程、國際經(jīng)濟與貿(mào)易、信息管理與信息系統(tǒng)、市場營銷、計算機科學與技術、工商管理、網(wǎng)絡工程、教育技術學、教育技術學（數(shù)字媒體設計與制作方向）、應用化學、生物工程、食品科學與工程、環(huán)境科學、光信息科學與技術、電子信息工程、英語、漢語言文學、廣告學。

福建師范大學閩南科技學院其他專業(yè)有5個：數(shù)字媒體藝術、生物技術、信息工程、通信工程、城市管理。