專業(yè)內涵：制藥工程是一個化學、藥學（中藥學）和工程學交叉的工科類專業(yè)，培養(yǎng)從事藥品制造，新工藝、新設備、新品種的開發(fā)、放大和設計方面的專門人才和在醫(yī)藥、農藥、精細化工、生物化工等部門從事醫(yī)藥產(chǎn)品的生產(chǎn)、應用研究和經(jīng)營管理等方面的應用工程技術人才。
專業(yè)特色:以“3+1”培養(yǎng)方案為主導，強調學生的實踐動手能力訓練，旨在培養(yǎng)具備制藥工程專業(yè)知識和設計、研究能力的“寬基礎、高素質、具有創(chuàng)新精神和實踐能力”的專門人才。
采用與企業(yè)產(chǎn)學研全面結合的制藥工程專業(yè)建設模式，其內容包括共同制訂培養(yǎng)目標、共同建設課程體系和教學內容、共同實施培養(yǎng)過程、共同評價培養(yǎng)質量，將產(chǎn)學研合作貫穿學生培養(yǎng)的全過程。
制藥工程的課程按模塊進行組合，以制藥工藝學、藥物合成反應、制藥分離工程等課程為龍頭；以藥物分析及質量研究、生物制藥技術、化學藥物技術、制藥工程學等數(shù)個模塊的建設逐步形成制藥工程技術系列課程群。
在課程運行過程中，專業(yè)課程與選修課程在各年級交互進行、循序漸進、互相滲透、手腦兼顧、多層綜合，強化了學生解決實際問題的能力。
課程設置與建設既以化學、藥學等理論作基礎，又突出工科院校的培養(yǎng)應用型人才的特點。
制藥工程專業(yè)為教育部“卓越工程師教育培養(yǎng)計劃”試點專業(yè)，采用“3+1”教學模式，使學生能有“1”年的集中時間在企業(yè)進行實習，參與解決企業(yè)的實際問題，提高自身的工作能力，為畢業(yè)后勝任企業(yè)工作打下堅實的基礎。
本專業(yè)與北京悅康藥業(yè)集團、北京紅惠新醫(yī)藥科技有限公司、北京諾泓醫(yī)藥科技有限公司等多家制藥企業(yè)和科研單位建立了合作關系，使其真正參與制藥工程專業(yè)的人才培養(yǎng)，為“卓越工程師教育培養(yǎng)計劃”的實施創(chuàng)造了良好條件。
為了更好地與首都大力發(fā)展生物制藥的大戰(zhàn)略相契合，滿足對生物醫(yī)藥人才的旺盛需求，制藥工程專業(yè)從2014年開始和北京亦莊生物醫(yī)藥園合作開設“生物醫(yī)藥園班”,畢業(yè)生將優(yōu)先滿足北京地區(qū)生物制藥企業(yè)對相關人才的需求。
學生前景：學生畢業(yè)后可到制藥工程（或醫(yī)藥生物技術）領域相關的生產(chǎn)企業(yè)、營銷企業(yè)、科研院所、藥品監(jiān)督管理部門等企、事業(yè)單位從事藥品生產(chǎn)、管理、營銷、檢驗監(jiān)督和研發(fā)等工作。
2012年首屆畢業(yè)生就業(yè)率為100%。
學生根據(jù)自己的興趣和愛好可以選擇考取研究生的專業(yè)（或方向）為：制藥工程、藥劑學、藥物分析、藥物化學、藥理學、天然藥化、生藥學、藥事管理等。
也可報考有機合成，精細有機合成，應用化學、化學工程等相近專業(yè)的研究生。
除此之外，還可以根據(jù)自己的意愿選擇出國深造以繼續(xù)本專業(yè)或相關專業(yè)的學業(yè)。