瑞安市第六中學創(chuàng)辦于1956年10月，原名“瑞安縣第五初級中學”，招收全縣小學畢業(yè)生和社會青年(為三年全日制初級中學)。1958年改名“馬嶼中學”。1971改校名為“瑞安縣馬嶼區(qū)中學”(縣直屬中學)，增設高中部，成為完全中學。1992年，改名為“瑞安市第六中學”，為瑞安市教育局直屬公辦全日制普通高級中學。

辦學至今，學校培養(yǎng)了18000多名初、高中畢業(yè)生，其中有現(xiàn)任中共二十屆中央政治局常委，國務院總理、黨組書記的74屆初中、76屆高中校友李強,浙江工業(yè)大學經(jīng)貿管理學院池仁勇教授,溫州大學副校長蔡曙光教授,教授級高工黃仕勇,99屆高中校友杭州電子科技大學副院長、博士生導師葉仁道教授,商界驕子“阿里巴巴十八羅漢”之一的85屆初中校友謝世煌等一批知名校友和各界精英,辦學成果豐碩。

學校坐落于素有“浙南五縣通衢”之稱的馬嶼鎮(zhèn)鎮(zhèn)中心。占地面積27112.2多平方米，建筑面積23201多平方米，集中綠地面積4967多平方米。

學?，F(xiàn)有教學班24個，教職工94人，其中研究生7人，省市縣優(yōu)秀教師、教壇新秀、骨干教師30多人，高級教師35名，高級職稱教師占專任教師37%。

學校秉持“生態(tài)自覺教育”的辦學理念，持續(xù)推進“生態(tài)而自悟的德育”、“生態(tài)而自主的課堂”、“生態(tài)而自省的評價”、“生態(tài)而自覺文化”的“四自教育”，培育“會學習•有術藝•會生活•有擔當”的具有“和合、公平、自主、可持續(xù)”的生態(tài)自覺型時需人才。目前已形成“DIY體驗•四自教育”的鮮明辦學特色，朝著“省級知名城鎮(zhèn)特色高中”近期辦學目標堅定前行，朝著內涵式發(fā)展的生態(tài)校園邁進。

近年來被授予授予浙江省二級特色示范普高、浙江省文明單位、浙江省教科研先進學校、浙江省第二批普通高中學科基地學校(綜合實踐活動)、浙江省教師發(fā)展學校、浙江省綠色學校、溫州市促進有效學習課堂變革項目優(yōu)秀試點學校、溫州市示范家長學校、溫州市民間藝術特色學校、溫州市中小學教育質量綜合評價改革試點學校、溫州市示范數(shù)字化學校、溫州市功能室建設達標學校、溫州市教育信息化工作先進單位、溫州市陽光體育后備人才基地、溫州市高中數(shù)學學科教研基地、溫州市心理健康一級輔導站等省市各類榮譽10多項。

近年來學校教育教學質量突出，2016學年至2021學年連續(xù)六年獲得瑞安市教育教學質量獎，其中三年獲得溫州市教育教學質量獎。

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