哈爾濱工程大學總共有50個專業(yè)。

哈爾濱工程大學本科專業(yè)有50個：機械設計制造及其自動化、工業(yè)設計、測控技術與儀器、核工程與核技術、自動化、船舶與海洋工程、水聲工程、國際經濟與貿易、材料化學　、電子信息工程（水聲）、核化工與核燃料工程、金融學、飛行器設計與工程、軟件工程（數字新媒體技術）、通信工程、工商管理、信息安全（保密技術）、計算機科學與技術、電子信息工程、電子商務、應用化學、探測制導與控制技術、公共事業(yè)管理、電氣工程及其自動化、應用心理學、微電子科學與工程、信息對抗技術、土木工程、能源與動力工程、法學、英語、工程力學、給排水科學與工程、社會學、建筑環(huán)境與能源應用工程、港口航道與海岸工程、軟件工程、思想政治教育、產品設計、光電信息科學與工程、數學與應用數學、化學工程與工藝、飛行器質量與可靠性、材料科學與工程　、材料物理、輪機工程、經濟學、飛行器動力工程、信息安全（保密管理）、物聯網工程。